Le colmatage par dépôt peut être de deux natures différentes qui peuvent coexister:
a) le colmatage particulaire ou colloïdal : des colloïdes peuvent être agglomérés et adhérer à la membrane. Les colloïdes les plus courants sont des argiles de silicate d’aluminium (0,3-1 µm) et des colloïdes de fer. Les microorganismes déposés font aussi partie de ce colmatage.
b) le colmatage par la matière organique : la dégradation de la matière organique produit une matrice de macromolécules appelée acide humique. Les matières organiques dans les eaux salées sont principalement des substances humiques à des concentrations entre 0,5 à 20 mg.L-1 pour l’eau saumâtre et jusqu’à 100 mg.L-1 de COT pour l’eau de mer en surface.
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